Identification of <i>Salmonella</i> Typhimurium Deubiquitinase SseL Substrates by Immunoaffinity Enrichment and Quantitative Proteomic Analysis
Notice bibliographique
Résumé
Ubiquitination is a key protein post-translational modification that regulates many important cellular pathways and whose levels are regulated by equilibrium between the activities of ubiquitin ligases and deubiquitinases. Here, we present a method to identify specific deubiquitinase substrates based on treatment of cell lysates with recombinant enzymes, immunoaffinity purification, and global quantitative proteomic analysis. As a model system to identify substrates, we used a virulence-related deubiquitinase, SseL, secreted by Salmonella enterica serovar Typhimurium into host cells. Using this approach, two SseL substrates were identified in the RAW 264.7 murine macrophage-like cell line, S100A6 and heterogeneous nuclear ribonuclear protein K, in addition to the previously reported K63-linked ubiquitin chains. These substrates were further validated by a combination of enzymatic and binding assays. This method can be used for the systematic identification of substrates of deubiquitinases from other organisms and applied to study their functions in physiology and disease.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,007 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».