A global plastid phylogeny of the brake fern genus <i>Pteris</i> (Pteridaceae) and related genera in the Pteridoideae
Notice bibliographique
Résumé
The brake fern genus Pteris belongs to the Pteridaceae subfamily Pteridoideae. It contains 200-250 species distributed on all continents except Antarctica, with its highest species diversity in tropical and subtropical regions. The monophyly of Pteris has long been in question because of its great morphological diversity and because of the controversial relationships of the Australian endemic monospecific genus Platyzoma. The circumscription of the Pteridoideae has likewise been uncertain. Previous studies typically had sparse sampling of Pteris species and related genera and used limited DNA sequence data. In the present study, DNA sequences of six plastid loci of 146 accessions representing 119 species of Pteris (including the type of the genus) and 18 related genera were used to infer a phylogeny using maximum-likelihood, Bayesian-inference and maximum-parsimony methods. Our major results include: (i) the previous uncertain relationships of Platyzoma were due to long-branch attraction; (ii) Afropteris, Neurocallis, Ochropteris and Platyzoma are all embedded within a well-supported Pteris sensu lato; (iii) the traditionally circumscribed Jamesonia is paraphyletic in relation to a monophyletic Eriosorus; (iv) Pteridoideae contains 15 genera: Actiniopteris, Anogramma, Austrogramme, Cerosora, Cosentinia, Eriosorus, Jamesonia, Nephopteris (no molecular data), Onychium, Pityrogramma, Pteris, Pterozonium, Syngramma, Taenitis and Tryonia; and (v) 15 well-supported clades within Pteris are identified, which differ from one another on molecular, morphological and geographical grounds, and represent 15 major evolutionary lineages.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».