Genetic diversity of<i>bla</i><sub>TEM</sub>alleles, antimicrobial susceptibility and molecular epidemiological characteristics of penicillinase-producing<i>Neisseria gonorrhoeae</i>from England and Wales
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVES: The objective of this study was to investigate the genetic diversity of blaTEM alleles, antimicrobial susceptibility and molecular epidemiological characteristics of penicillinase-producing Neisseria gonorrhoeae (PPNG) isolates collected in 2012 from England and Wales. METHODS: PPNG isolates were from the 2012 Gonococcal Resistance to Antimicrobial Surveillance Programme (GRASP). Their susceptibility to seven antimicrobials was determined using agar dilution methodology. β-Lactamase production was detected using a nitrocefin test. β-Lactamase plasmid types were determined and blaTEM genes were sequenced. Isolates were also typed by N. gonorrhoeae multi-antigen sequence typing (NG-MAST). RESULTS: Seventy-three PPNG isolates were identified in the 2012 GRASP collection (4.6%, 73/1603). Three different blaTEM alleles were identified, encoding three TEM amino acid sequences: TEM-1 (53%), TEM-1 with a P14S substitution (19%) and TEM-135 (27%). The blaTEM-135 allele was present in nine different NG-MAST types and was found mostly on Asian (60%) and Toronto/Rio (35%) plasmids. By contrast, most TEM-1-encoding plasmids were African (98%). All the TEM-135 isolates displayed high-level ciprofloxacin and tetracycline resistance. CONCLUSIONS: The high proportion of blaTEM-135 alleles (27%) demonstrates that this variant is circulating within several gonococcal lineages. Only a single specific mutation near the β-lactamase active site could result in TEM-135 evolving into an ESBL. This is concerning particularly because the TEM-135 isolates were associated with high-level ciprofloxacin and tetracycline resistance. It is encouraging that no further TEM alleles were detected in this gonococcal population; however, vigilance is vital as an ESBL in N. gonorrhoeae would render the last remaining option for monotherapy, ceftriaxone, useless.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».