Simple sequence repeat-based identification of Canadian malting barley varieties
Notice bibliographique
Résumé
Perry, D. J., Fernando, U. and Lee, S-J. 2014. Simple sequence repeat-based identification of Canadian malting barley varieties. Can. J. Plant Sci. 94: 485–496. Practical and reliable means to identify barley varieties are required to provide assurances in segregated grain handling and for quality control in the malting and brewing industry. A set of 10 simple sequence repeat (SSR) markers was selected to differentiate among malting barley varieties grown in Canada. Modification of some PCR primers permitted assembly into two five-marker multiplexes that may be examined simultaneously using an electrophoresis-based DNA analyzer. These markers were surveyed in multiple individual kernels of each of 48 barley varieties grown in Canada, including 31 malting varieties and 17 popular feed varieties. Variation within varieties was common and three general categories of intra-variety polymorphism were recognized: (1) primary biotypes, which were characterized by a fairly even distribution of two alleles at one or more marker loci and complete mixture of allele combinations among the polymorphic loci; (2) uncommon, distinctly different variants; and (3) putative recent SSR mutations. Differentiation among varieties was complete with the exception of one pair of related six-row feed varieties (AC Rosser and AC Ranger) that was indistinguishable and one group of three very closely related two-row malting varieties (CDC Kendall, CDC PolarStar and Norman) that, on an individual-kernel basis, were only partially distinguishable using these markers. Simple, rapid individual-kernel DNA preparation methods were also developed for use in conjunction with the multiplexed markers to provide a convenient, effective and relatively inexpensive tool that may be used for barley variety identification, purity analysis or quantification of variety mixtures.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».