In silico modeling of Arp1 and Arp2 as targets of Photox ADP-ribosylation
Notice bibliographique
Résumé
Photox has been identified as an ADP-ribosylating toxin, produced by Photorhabdus luminescens, which targets actin. Recent unpublished studies have suggested that Photox may also target actin-related proteins (Arps). Herein we report possible interacting residues of actin, Arp1 and Arp2, with Photox. Both actin and Arp1 were predicted to interact with Photox in six main groups across the NAD+ binding surface whereas four interaction groups were proposed between Arp2 and Photox. The possible interactions evaluated included hydrogen bonds, salt bridges, and electrostatic and hydrophobic interactions. Our results suggest that Arp1 is a very likely target of Photox, while Arp2 is also a possible candidate; however, the possible interactions between Photox and Arp2 appear to be weaker than the possible interactions between Photox and Arp1. Understanding the various interactions of Photox and its targets may help to provide insight into its biological action, and may potentially lead to a treatment plan for similar toxin-related diseases.
 
 Keywords: ADP-ribosylating toxins; Photox (Photorhabdus luminescens); actin-related proteins (Arp1, Arp2) (targeting of); in silico modeling of protein interactions
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».