MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W1951846066 · doi:10.1099/00221287-146-3-677

The gene encoding IIABL Man in Streptococcus salivarius is part of a tetracistronic operon encoding a phosphoenolpyruvate:mannose/glucose phosphotransferase system The GenBank accession number for the sequence reported in this paper is AF130465.

2000· article· en· W1951846066 sur OpenAlexaff
Louis-André Lortie, M Pelletier, Christian Vadeboncoeur, Michel Frenette

Notice bibliographique

RevueMicrobiology · 2000
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Phylogenetic Studies
Établissements canadiensUniversité Laval
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésPEP group translocationOperonMannoseStreptococcus salivariusBiologyGeneMolecular biologyBiochemistryPeptide sequenceNucleic acid sequenceUntranslated regionEscherichia coliMessenger RNAGeneticsBacteriaStreptococcus

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Glucose and mannose are transported in streptococci by the mannose-PTS (phosphoenolpyruvate:mannose phosphotransferase system), which consists of a cytoplasmic IIAB protein, called IIAB(Man), and an uncharacterized membrane permease. This paper reports the characterization of the man operon encoding the specific components of the mannose-PTS of Streptococcus salivarius. The man operon was composed of four genes, manL, manM, manN and manO. These genes were transcribed from a canonical promoter (Pman) into a 3.6 kb polycistronic mRNA that contained a 5'-UTR (untranslated region). The predicted manL gene product encoded a 35.5 kDa protein and contained the amino acid sequences of the IIA and IIB phosphorylation sites already determined from purified S. salivarius IIAB(Man)L. Expression of manL in Escherichia coli generated a 35 kDa protein that reacted with anti-IIAB(Man)L antibodies. The predicted ManM protein had an estimated size of 27.2 kDa. ManM had similarity with IIC domains of the mannose-EII family, but did not possess the signature proposed for mannose-IIC proteins from Gram-negative bacteria. From multiple alignment analyses of sequences available in current databases, the following modified IIC(Man) signature is proposed: GX3G[DNH]X3G[LIVM]2XG2[STL][LT][EQ]. The deduced product of manN was a hydrophobic protein with a predicted molecular mass of 33.4 kDa. The ManN protein contained an amino acid sequence similar to the signature sequence of the IID domains of the mannose-EII family. manO encoded a 13.7 kDa protein. This gene was also transcribed as a monocistronic mRNA from a promoter located in the manN-manO intergenic region. A search of current databases revealed the presence of IIAB(Man)L, ManM, ManN and ManO orthologues in Streptococcus mutans, Streptococcus pyogenes, Streptococcus pneumoniae and Enterococcus faecalis. This work has elucidated the molecular structure of the mannose PTS in streptococci and enterococci, and demonstrated the presence of a putative regulatory protein (ManO) within the man operon.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,091
Score d'incertitude au seuil0,755

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,019
Tête enseignante GPT0,263
Écart entre enseignants0,244 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations25
Publié2000
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueMicrobiologyMême sujetGenomics and Phylogenetic StudiesTravaux en français237 207