Occurrence and genetic diversity of<i>Raspberry leaf blotch virus</i>(RLBV) infecting cultivated and wild<i>Rubus</i>species in Finland
Notice bibliographique
Résumé
Raspberry leaf blotch virus (RLBV) is a recently described (−)ssRNA virus (genus Emaravirus) associated with the long-known, severe raspberry leaf blotch disorder (RLBD). The virus is presumably transmitted by the raspberry leaf and bud mite (Phyllocoptes gracilis; Eriophyidae). Cultivated and wild raspberries (Rubus idaeus) displaying RLBD or yellowing symptoms were sampled in 14 districts in Finland and tested for RNA3 and RNA5 of RLBV by reverse transcription PCR (RT-PCR) and dot blot hybridization. A total of 59 samples were tested for RLBV, including 36 plants of cultivated raspberry, 20 wild raspberry plants, one ornamental purple flowering raspberry plant (Rubus odoratus), and two samples of P. gracilis (20 mites pooled per sample) collected from RLBD-affected Glen Ample. Fifty-three (93%) of the 57 plants tested were RLBV-positive, including seven raspberry cultivars (Balder, Glen Ample, Jenkka, Malling Minerva, Maurin Makea, Muskoka, Ottawa) and purple flowering raspberry, which is a new host for RLBV. RLBV was also detected by RT-PCR in mites (P. gracilis) collected from buds of RLBV-positive raspberry plants. The partial nucleotide (nt) sequence of the RLBV NP gene (nt 835–1284 of RNA3) was determined for 21 isolates obtained from 10 districts in Finland. Identical isolates were detected in distant districts, and distinctly different isolates were found in the same raspberry cultivation. Furthermore, eight different NP sequence variants were detected in the nine plants of a single raspberry cultivar (Glen Ample) tested from two districts. The nt and deduced amino acid sequences of the 21 isolates were 92.0–100% and 89.3–100% identical, respectively. Phylogenetic analysis revealed two main clusters. One cluster included three isolates, of which two isolates were from one farm in Finland and one isolate was previously characterised in Scotland. The other cluster contained the remaining 19 isolates characterised in this study. The results indicate that RLBV is widely distributed in cultivated and wild raspberries in Finland and shows considerable genetic variability.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».