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Enregistrement W1956185674 · doi:10.1038/npre.2008.1550.1

Dual expression recombinase based (DERB) single vector system for high throughput screening and verification of protein interactions in living cells

2008· preprint· en· W1956185674 sur OpenAlexaff
Jianping Lu, Laura Beatty, Jehonathan H. Pinthus

Notice bibliographique

RevueNature Precedings · 2008
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueAdvanced biosensing and bioanalysis techniques
Établissements canadiensMcMaster University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésComputational biologyProtein–protein interactionFörster resonance energy transferBimolecular fluorescence complementationORFSComputer scienceIdentification (biology)Dual (grammatical number)Open reading frameBiologyCell biologyGeneticsPhysicsFluorescenceGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Identification of novel protein interactions and their mediators is fundamental in understanding cellular processes and is necessary for protein-targeted therapy. Evidently high throughput formatting of these applications in living cells would be beneficial, however no adequate system exists. We present a novel platform technology for the high throughput screening and verification of protein interactions in living cells. The platform's series of Dual Expression Recombinase Based (DERB) destiny vectors individually encode two sets of recombinase recognizable sequences for inserting the protein open reading frame (ORF) of interest, two sets of promoters and reporter tags in frame with the ORFs for detecting interactions. Introduction into living cells (prokaryotic and eukaryotic) enables the detection of protein interactions by fluorescence resonance energy transfer (FRET) or bimolecular fluorescence complementation (BiFC). The DERB platform shows advantages over current commercialized systems by DERB vectors validated through proof-of-principle experiments and the identification of an unknown interaction.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,277
Écart entre enseignants0,262 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2008
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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