ADEPT, airway disease endotyping for personalized treatment: Interim analysis of asthma patients
Notice bibliographique
Résumé
Background ADEPT is a non-interventional study to characterize the clinical and molecular profiles of healthy, asthmatic, and COPD patients Methods Gene signatures of steroid up- and down- regulated genes were generated from in vitro stimulations of primary human airway cells from commercial sources. These steroid gene signatures were evaluated in the ADEPT asthma biopsies using GSEA to evaluate steroid responsiveness. Results The interim analysis included 15 healthy nonatopic subjects and 15, 13, and 11 mild, moderate, and severe asthmatics, respectively. The steroid down-regulated gene signature was enriched in moderate and severe but not mild asthma. The up-regulated signature was suppressed in mild asthma, and enriched in moderate but not severe asthma (Table 1). Asthma-related genes, including ALOX15, MUC5AC, and periostin, were each over-expressed in at least 2 asthma groups. Expression of B cell, T cell, mast cell genes was decreased in moderate and severe asthma. Steroid gene signature enrichment in asthma Signature Mild Moderate Severe Steroid, Down regulation 0.30 (-0.59) 0.015 (-0.76) <0.0001 (-0.93) Steroid, Up regulation 0.098 (-0.53) 0.0073 (0.78) 0.74 (-0.32) Nominal p-value (enrichment score), with healthy nonatopic control group as reference Conclusions Differential enrichment of the steroid gene signature was detected and corresponded to severity group. Confirmation of the unique findings in the severe asthma group awaits testing with the complete dataset. The unexpected findings in severe asthma may help elucidate mechanisms underlying steroid resistance.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».