Multiple proton relay routes in the reaction mechanism of <scp>RNAP</scp> II: Assessing the effect of structural model
Notice bibliographique
Résumé
RNA polymerase II catalyzes the nucleotidyl transfer reaction for messenger RNA synthesis in eukaryotes. Two crystal structures of this system have been resolved, each with its own defects in the coordination sphere of Mg(2+) (A) resulting from chemical modifications. We have used both structures and also a novel hybrid of the two that allows a better exploration of the parts of configuration space that reflect substrate-enzyme interactions. MD and QM/MM calculations have been performed, the latter with the semiempirical AM1/d-PhoT method, calibrated against density functional theory. Reaction path scans in 1-D provided insights about the role of Mg(2+) (A) which turns out to be more structural than catalytic. In contrast, 1-D scans of the incorporation of the nucleotidyl group yielded barriers that were much too high, necessitating the use of 2-D reaction coordinates. Three different proton acceptors for the initial reaction step were examined. For those models based on the two PDB structures the 2-D scans continued to yield very high barriers, indicating that the reaction is unlikely to proceed from these configurations. On the other hand, two hybrid models, chosen from the early and late parts of a 12 ns molecular dynamics simulation yielded greatly reduced barriers in the range of ∼ 17 to ∼ 27 kcal/mol for the three proton acceptors, as compared to the experimental estimate of 18 kcal/mol. The final step, release of pyrophosphate, was found to be facile. Our overall mechanism involves only active site residues or water without the need for external reactive agents such as the hydroxide ion previously proposed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».