Two different modes of transcription repression of the <i>Escherichia coli</i> acetate operon by IclR
Notice bibliographique
Résumé
IclR is a repressor for the Escherichia coli aceBAK operon, which encodes isocitrate lyase (aceB), malate synthase (aceA) and isocitrate dehydroge-nase kinase/phosphorylase (aceK) in the glyoxylate bypass. IclR also represses the expression of iclR in an autogenous manner. DNase I footprinting and in vitro transcription assays indicated that IclR binds to an IclR box (-21 to +14), which overlaps the iclR promoter and thus competes with the RNA polymerase for DNA binding, leading to transcription repression. In the case of the aceBAK operon, IclR binds to IclR box II between -52 and -19 of the aceB promoter and interferes with binding of the RNA polymerase to this promoter. A secondary IclR binding site (IclR box I) was identified between -125 and -99 of the aceB promoter. IclR binds to this IclR box I even after formation of the aceB promoter open complex and, moreover, induces disassembly of the open complex, leading to repression of aceB transcription. In parallel, the location of the C-terminal domain of the RNA polymerase alpha subunit (alphaCTD) on DNA is shifted close to the IclR box I, indicating that direct interaction between the alphaCTD and the IclR box I-associated IclR caused the repression.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».