Mapping the Integrin-Linked Kinase Interactome Using SILAC
Notice bibliographique
Résumé
Protein-protein interactions play an essential role in the regulation of vital biological functions. Through a network of interactions, integrin-linked kinase (ILK) functions downstream of integrin receptors to control cell spreading, migration, growth, survival, and cell cycle progression. Despite many reports on the role of ILK in the regulation of multiple signaling pathways, it is still not understood how ILK integrates and controls complex cellular signals. A more global analysis of ILK-protein complexes will give important insights in the complexity of ILK-dependent signal transduction. Here, we applied a SILAC (stable isotope labeling with amino acids in cell culture)-based proteomics approach to discover novel ILK-interacting proteins. Of 752 proteins identified in ILK immunoprecipitates, 24 proteins had SILAC ratios higher than PINCH, previously identified as direct ILK-binding partner. Some of the newly identified proteins specifically enriched in ILK immunoprecipitates, with potentially interesting roles in ILK biology, include rapamycin-insensitive companion of mTOR (Rictor), alpha- and beta-tubulin, RuvB-like 1 and 2, HS1-associating protein 1 (HAX-1), T-complex protein 1 subunits, and Ras-GTP-ase activating-like protein 1 (IQ-GAP1). Functional interactions between ILK and several of the new binding partners were confirmed by coimmunoprecipitation/Western blot and colocalization experiments. Detailed analysis showed that when ILK is found in a complex with alpha-tubulin and RuvB-like 1, alpha-parvin and PINCH are not present, suggesting that ILK has the ability to form distinct protein complexes throughout the cell. Inhibition of ILK activity with an ILK-kinase inhibitor QLT0267 or downregulation of its expression impaired the ability of RuvB-like 1 to bind to tubulin pointing toward a possible role of ILK in the regulation of RuvB-like 1/tubulin interaction. Using the power of quantitative proteomics to resolve specific from nonspecific protein interactions, we identified several novel ILK-binding proteins, which sheds light on the molecular mechanisms of regulation of ILK-dependent signal transduction.
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Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».