Conformational Dynamics of Human AP Endonuclease in Base Excision and Nucleotide Incision Repair Pathways
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
APE1 is a multifunctional enzyme that plays a central role in base excision repair (BER) of DNA. APE1 is also involved in the alternative nucleotide incision repair (NIR) pathway. We present an analysis of conformational dynamics and kinetic mechanisms of the full-length APE1 and truncated NDelta61-APE1 lacking the N-terminal 61 amino acids (REF1 domain) in BER and NIR pathways. The action of both enzyme forms were described by identical kinetic schemes, containing four stages corresponding to formation of the initial enzyme-substrate complex and isomerization of this complex; when a damaged substrate was present, these stages were followed by an irreversible catalytic stage resulting in the formation of the enzyme-product complex and the equilibrium stage of product release. For the first time we showed, that upon binding AP-containing DNA, the APE1 structure underwent conformational changes before the chemical cleavage step. Under BER conditions, the REF1 domain of APE1 influenced the stability of both the enzyme-substrate and enzyme-product complexes, as well as the isomerization rate, but did not affect the rates of initial complex formation or catalysis. Under NIR conditions, the REF1 domain affected both the rate of formation and the stability of the initial complex. In comparison with the full-length protein, NDelta61-APE1 did not display a decrease in NIR activity with a dihydrouracil-containing substrate. BER conditions decrease the rate of catalysis and strongly inhibit the rate of isomerization step for the NIR substrates. Under NIR conditions AP-endonuclease activity is still very efficient.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle