0A06-01. Multiplicity of infection by HIV-1 in injection drug users, men who have sex with men and heterosexuals
Notice bibliographique
Résumé
We have recently shown that transmitted/founder virus(es) can be identified unambiguously using single genome amplification (SGA) (Keele, PNAS, 2008; Salazar, JEM, 2009) and that in heterosexual transmissions approximately 80% of patients are infected by a single virus or infected cell (Keele, PNAS, 2008; Haaland, PLoS Pathogens, 2009; Abrahams, JVirol, 2009). Here we explore the characteristics of virus transmission in men who have sex with men (MSM) and injection drug users (IDU). Full-length env sequences were derived by SGA from plasma vRNA from 30 acutely infected MSM and 11 IDU from North America. Modes of infection were determined by self-report. Uncloned amplicons were sequenced, aligned, and analyzed by neighbor-joining phylogenies and the Highlighter tool. Maximum within-patient diversity ranged from 0.08–7.12%. In the MSM group, 19 of 30 (63%) acutely infected subjects had evidence of a single transmitted/founder (t/f) virus and 11 of the 30 had evidence of transmission by a minimum of 2–10 viruses. In the IDU group, 4 of the 11(36%) had evidence of a single t/f virus, while the remaining 7 demonstrated transmission by a minimum of 3–19 variants. In the subjects with multiple transmissions, the median number of t/f variants was 3 for MSM and 5 for IDU. Differences in single versus multiple virus transmissions among HSX, MSM and IDU were statistically significant (p < 0.006). The HIV-1 transmission event is different in HSX, MSM and IDU. We see single variant transmission in approximately 80% of HSX, 60% of MSM and 40% of IDU. When multiple transmissions occur, they tend to have a higher number of variants in IDU than in MSM or HSX. These findings indicate that risk of HIV-1 acquisition correlates with numbers of transmitted viruses. This, along with the phenotypic properties of these viruses (especially Env), may be important in vaccine design and assessment.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».