JASPAR 2014: an extensively expanded and updated open-access database of transcription factor binding profiles
Pourquoi ce travail est-il dans la base ?
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Aucune affiliation canadienne. Une base fondée sur la seule affiliation (le devis habituel) n'aurait jamais vu ce travail. C'est l'un des travaux qui justifient l'inversion de la base.
Résumé
JASPAR (http://jaspar.genereg.net) is the largest open-access database of matrix-based nucleotide profiles describing the binding preference of transcription factors from multiple species. The fifth major release greatly expands the heart of JASPAR-the JASPAR CORE subcollection, which contains curated, non-redundant profiles-with 135 new curated profiles (74 in vertebrates, 8 in Drosophila melanogaster, 10 in Caenorhabditis elegans and 43 in Arabidopsis thaliana; a 30% increase in total) and 43 older updated profiles (36 in vertebrates, 3 in D. melanogaster and 4 in A. thaliana; a 9% update in total). The new and updated profiles are mainly derived from published chromatin immunoprecipitation-seq experimental datasets. In addition, the web interface has been enhanced with advanced capabilities in browsing, searching and subsetting. Finally, the new JASPAR release is accompanied by a new BioPython package, a new R tool package and a new R/Bioconductor data package to facilitate access for both manual and automated methods.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
La notice
- Revue
- Nucleic Acids Research
- Thématique
- Genomics and Chromatin Dynamics
- Domaine
- Biochemistry, Genetics and Molecular Biology
- Établissements canadiens
- —
- Organismes subventionnaires
- Seventh Framework ProgrammeH. Lundbeck A/SLundbeckfondenGenome British ColumbiaMichael Smith Health Research BCNational Institute of General Medical SciencesMedical Research CouncilCentre National de la Recherche ScientifiqueNovo NordiskUniversitetet i BergenGenome Canada
- Mots-clés
- BiologyTranscription factorComputational biologyDNA binding siteGeneticsDatabaseBioinformaticsPromoterComputer scienceGeneGene expression
- Résumé présent dans OpenAlex
- oui