Patients with Inflammatory Bowel Disease Exhibit Dysregulated Responses to Microbial DNA
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: A critical role for the gut epithelium lies in its ability to discriminate between pathogens and commensals and respond appropriately. Dysfunctional interactions between microbes and epithelia are believed to have a role in inflammatory bowel disease (IBD). In this study, we analyzed microbiota and gene expression in IBD patients and examined responses of mucosal biopsies to bacterial DNA. METHODS: Biopsies were taken from non-inflamed areas of the colon in healthy controls (HC) and Crohn's disease (CD) and ulcerative colitis (UC) patients in remission. Biopsies were snap-frozen or cultured with DNA from Lactobacillus plantarum (LP) or Salmonella dublin (SD). Gene expression was analyzed under basal conditions and in response to DNA. Gene networks were analyzed using Ingenuity Pathways software. Mucosal-associated microbiota was analyzed using terminal restriction fragment length polymorphism. Frequency of single nucleotide polymorphisms in NOD2 and TLR9 was assessed. RESULTS: Patients with IBD had altered microbiota, enhanced expression of inflammatory genes, and increased correlations between specific gene expression and microbes. Principle component analysis showed CD and UC patients to cluster independently from healthy controls in both gene expression and microbial analysis. DNA from LP stimulated anti-inflammatory pathways in controls and UC patients, but induced an upregulation of IL17A in CD patients. There were no differences in SNP frequencies of TLR9 or NOD2 in the groups. CONCLUSIONS: Patients with Crohn's disease exhibit altered responses to bacterial DNA. These findings suggest that the gut response to bacterial DNA may depend not only on the specific type of bacterial DNA, but also on the host.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».