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Enregistrement W1964932959 · doi:10.1111/j.1550-7408.2012.00623.x

Reconciling Cladistic and Genetic Analyses in Choreotrichid Ciliates (Ciliophora, Spirotricha, Oligotrichea)

2012· article· en· W1964932959 sur OpenAlexaff
Sabine Agatha, Michaela C. Strüder‐Kypke

Notice bibliographique

RevueJournal of Eukaryotic Microbiology · 2012
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueProtist diversity and phylogeny
Établissements canadiensUniversity of Guelph
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBiologyReticulateCiliataGenusTaxonomy (biology)CladisticsZoologyTaxonAnatomyPhylogeneticsProtozoaBotanyGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Fifty-six features of halteriid, oligotrichid, and choreotrichid ciliates are cladistically analysed, including an updated hypothesis about the evolution of the somatic ciliary patterns. Based on its morphology, Lynnella clusters with Parastrombidinopsis, Parastrombidium, and Strombidinopsis, while it is basal to the other choreotrichids in the molecular phylogenies. The two clusters of Favella species in small subunit rRNA gene trees are supported by morphological features, justifying a separation at genus and family level. The genus Favella has a smooth lorica surface and a somatic ciliary pattern comprising a left and lateral ciliary field as well as two dorsal kineties and a monokinetidal ventral kinety abutting on the right ciliary field. The new genus Schmidingerella n. gen., established for the second Favella cluster, groups with Metacylis and Rhabdonella in the molecular trees. It differs from Favella in (i) a lorica wall with reticulate surface ridges and minute openings and (ii) a ventral kinety that is distinctly apart from the right ciliary field and composed of a monokinetidal anterior and a dikinetidal posterior portion. The genera Codonaria, Codonella, and Codonellopsis are affiliated with the family Dictyocystidae, whose diagnosis is improved to include the lorica sac.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,006
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,012
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,006
Score d'incertitude au seuil0,031

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0060,012
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0060,003
Études des sciences et des technologies0,0030,002
Communication savante0,0020,001
Science ouverte0,0010,003
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,030
Tête enseignante GPT0,285
Écart entre enseignants0,255 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations61
Publié2012
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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