Functional characterization and Me<sup>2+</sup> ion specificity of a Ca<sup>2+</sup>–citrate transporter from <i>Enterococcus faecalis</i>
Notice bibliographique
Résumé
Secondary transporters of the bacterial CitMHS family transport citrate in complex with a metal ion. Different members of the family are specific for the metal ion in the complex and have been shown to transport Mg(2+)-citrate, Ca(2+)-citrate or Fe(3+)-citrate. The Fe(3+)-citrate transporter of Streptococcus mutans clusters on the phylogenetic tree on a separate branch with a group of transporters found in the phylum Firmicutes which are believed to be involved in anaerobic citrate degradation. We have cloned and characterized the transporter from Enterococcus faecalis EfCitH in this cluster. The gene was functionally expressed in Escherichia coli and studied using right-side-out membrane vesicles. The transporter catalyzes proton-motive-force-driven uptake of the Ca(2+)-citrate complex with an affinity constant of 3.5 microm. Homologous exchange is catalyzed with a higher efficiency than efflux down a concentration gradient. Analysis of the metal ion specificity of EfCitH activity in right-side-out membrane vesicles revealed a specificity that was highly similar to that of the Bacillus subtilis Ca(2+)-citrate transporter in the same family. In spite of the high sequence identity with the S. mutans Fe(3+)-citrate transporter, no transport activity with Fe(3+) (or Fe(2+)) could be detected. The transporter of E. faecalis catalyzes translocation of citrate in complex with Ca(2+), Sr(2+), Mn(2+), Cd(2+) and Pb(2+) and not with Mg(2+), Zn(2+), Ni(2+) and Co(2+). The specificity appears to correlate with the size of the metal ion in the complex.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».