144 Use of Fourier Transform Infrared (FT IR) Diffuse Reflectance Spectroscopy and Hamming Distances to Study the Phycocolloid Chemosystematics of the Red Algae (Rhodophta)
Notice bibliographique
Résumé
The use of red algal polysaccharide cell wall structures as taxonomic indicators has been a recurring theme in the literature for over 58 years. Traditionally the polymeric phycocolloids of the red algal cell walls have been classified into definite structures (carrageenans and agars) based on the phycocolloids present. However, this method has some obvious shortcomings, such as its inability to assign hybrid structures (carragars), or the appearance of agarocolloids in traditional ‘carrageenophytes’. Thus, there is a need to develop an unbiased method of examining phycocolloid structures without assigning them names. Fourier transform infrared diffuse reflectance spectroscopy was used to analyze the spectra of a large number of red algal species, belonging to several orders. The spectra for each species resulted in a series of ‘peaks’ corresponding to certain wavenumbers (cm−1), which in term correspond to phycocolloid bonds. On the basis of shared/similar peaks, irrespective of their combinations to describe polymeric units, a series of matrices were developed for each family. These were coded as a 0 and 1, indicating the presence or absence of a peak, respectively. Using the concept of vector addition and Hamming distances, a methodology was formulated for analyzing ordinal and familial level groupings. Initial analysis on 173 species, representing 39 families and 12 orders of the Rhodophyta, proved to be promising. Some results corroborated previous studies, while others proved to be informative and raised the need for further chemosystematic studies. This provides the impetus for continuing to develop this method as a contribution to red algal systematics.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».