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Enregistrement W1965247368 · doi:10.1038/msb4100184

The complexities of antibiotic action

2007· letter· en· W1965247368 sur OpenAlexafffund
Robert E. W. Hancock

Notice bibliographique

RevueMolecular Systems Biology · 2007
Typeletter
Langueen
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueBacteriophages and microbial interactions
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchCanada Research ChairsAdvanced Foods and Materials Network
Mots-clésBiologyAntibioticsAction (physics)Computational biologyMicrobiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Mol Syst Biol. 3: 142 Antibiotics are arguably the most successful medicine on the planet, but the one under huge threat from antibiotic resistance in the face of diminishing new antimicrobial discovery efforts (Hancock, 2007). One of the great hopes for discovering new antibiotics arose when whole‐genome sequencing came of age in 1995 with the decoding of the Haemophilus influenzae genome, followed rapidly by those of many other pathogens. Although this offered antibiotics researchers a window into every possible antibiotic target and stimulated massive efforts in Pharma and Biotech to uncover and exploit these targets, we have not seen a single new antibiotic arising from such studies. The reason is elusive, but could relate to the concept that antibiotics have much more complex mechanisms and targets than previously hypothesized (see Brazas and Hancock, 2005a for discussion). Indeed, a plethora of microarray studies have indicated that all studied antibiotics induce or repress dozens to hundreds of genes at or below their minimal inhibitory concentrations (MIC), and these patterns of expressed genes (signatures) appear to relate to the general mechanism of action of a particular antibiotic, with signatures for cell wall synthesis inhibition, …

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,004
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,011
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Commentaire · Signal consensuel: Commentaire
Score de désaccord entre enseignants0,026
Score d'incertitude au seuil0,021

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0040,011
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0020,006
Communication savante0,0040,007
Science ouverte0,0020,002
Intégrité de la recherche0,0260,027
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0050,006

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,025
Tête enseignante GPT0,278
Écart entre enseignants0,253 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreCommentaire

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations25
Publié2007
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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