Hydrogen/Deuterium Scrambling during Quadrupole Time-of-Flight MS/MS Analysis of a Zinc-Binding Protein Domain
Notice bibliographique
Résumé
It remains an open question as to whether experiments involving collision-induced dissociation (CID) can provide a viable approach for monitoring spatially resolved deuteration levels in electrosprayed polypeptide ions. A number of laboratories reported the successful application of CID following solution-phase H/D exchange (HDX), whereas others found that H/D scrambling precluded site-specific measurements. The aim of the current work is to help clarify the general feasibility of HDX-CID methods, using a 22-residue zinc-bound protein domain (Zn-ZBD) as model system. Metal binding in Zn-ZBD should confer structural rigidity, and the presence of several basic residues should sequester mobile charge carriers in the gas phase. Both of these factors were expected to suppress the extent of scrambling. HDX was carried out by employing rapid on-line mixing, thereby mimicking conditions typically encountered in kinetic pulse-labeling studies. Quadrupole time-of-flight MS/MS of pulse-labeled Zn-ZBD provides high sequence coverage. However, the measured fragment deuteration levels do not correlate with the known H-bonding pattern of Zn-ZBD, suggesting the occurrence of extensive scrambling. Instead of showing a uniform distribution, the fragment ions reveal a distinct nonrandom pattern of deuteration levels. In the absence of prior information, these data could erroneously be ascribed to the presence of protected sites. However, the observed patterns clearly originate from other factors; possibly they are caused by modulations of the amide CID efficiency by kinetic isotope effects. It is concluded that scrambling does not represent the only conceptual problem in HDX-CID studies and that control experiments on uniformly labeled samples are essential for ruling out interpretation artifacts.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».