Functional categorization of unique expressed sequence tags obtained from the yeast-like growth phase of the elm pathogen Ophiostoma novo-ulmi
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The highly aggressive pathogenic fungus Ophiostoma novo-ulmi continues to be a serious threat to the American elm (Ulmus americana) in North America. Extensive studies have been conducted in North America to understand the mechanisms of virulence of this introduced pathogen and its evolving population structure, with a view to identifying potential strategies for the control of Dutch elm disease. As part of a larger study to examine the genomes of economically important Ophiostoma spp. and the genetic basis of virulence, we have constructed an expressed sequence tag (EST) library using total RNA extracted from the yeast-like growth phase of O. novo-ulmi (isolate H327). RESULTS: A total of 4,386 readable EST sequences were annotated by determining their closest matches to known or theoretical sequences in public databases by BLASTX analysis. Searches matched 2,093 sequences to entries found in Genbank, including 1,761 matches with known proteins and 332 matches with unknown (hypothetical/predicted) proteins. Known proteins included a collection of 880 unique transcripts which were categorized to obtain a functional profile of the transcriptome and to evaluate physiological function. These assignments yielded 20 primary functional categories (FunCat), the largest including Metabolism (FunCat 01, 20.28% of total), Sub-cellular localization (70, 10.23%), Protein synthesis (12, 10.14%), Transcription (11, 8.27%), Biogenesis of cellular components (42, 8.15%), Cellular transport, facilitation and routes (20, 6.08%), Classification unresolved (98, 5.80%), Cell rescue, defence and virulence (32, 5.31%) and the unclassified category, or known sequences of unknown metabolic function (99, 7.5%). A list of specific transcripts of interest was compiled to initiate an evaluation of their impact upon strain virulence in subsequent studies. CONCLUSIONS: This is the first large-scale study of the O. novo-ulmi transcriptome. The expression profile obtained from the yeast-like growth phase of this species will facilitate a multigenic approach to gene expression studies to assess their role in the determination of pathogenicity for this species. The identification and evaluation of gene targets in such studies will be a prerequisite to the development of biological control strategies for this pathogen.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».