Synthesis and Characterization of DNA Fluorescent Probes Containing a Single Site-Specific Stereoisomer of <i>anti</i>-Benzo[<i>a</i>]pyrene Diol Epoxide-<i>N</i><sup>2</sup>-dG
Notice bibliographique
Résumé
We present a comprehensive study of synthesis and characterization of DNA probes containing covalently bound benzo[a]pyrene diol epoxide (BPDE) isomers at a defined site. Short oligonucleotides of 16mers containing a single trans-(+)- or trans-(-)-anti-BPDE-N(2)-guanine adducts (BPDE-16mer) were first synthesized and then ligated with a fluorescently labeled single-stranded oligonucleotide. The ligation products (double-stranded or single-stranded 90mers) contained a single BPDE adduct of defined stereochemistry and a fluorescent label. The BPDE adduct could be recognized by a specific antibody, and the fluorescent label was useful for highly sensitive laser-induced fluorescence detection. The incorporation of single BPDE in the 16mers was validated by liquid chromatography, UV spectroscopy, and tandem mass spectrometry analysis. The stereochemistry of the single BPDE adducts in the 16mers was further identified by enzyme digestion-coupled stereoselective chromatography analysis. The ligation of BPDE-16mer with normal oligonucleotides for the synthesis of tetramethylrhodamine (TMR)-BPDE-90mers was evaluated. It was found that the modification of the 16mer by anti-BPDE could significantly reduce the ligation yield of ds90mer and lead to the formation of gapped DNA. The incorporation of a single anti-BPDE adduct in ligated ds90mers was confirmed using an antibody specific to the anti-BPDE-dG and affinity capillary electrophoresis. The detection limits of the TMR-BPDE-90mers by capillary electrophoresis coupled with laser-induced fluorescence are below 4 x 10(-19) mol.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».