RNA-level unscrambling of fragmented genes in <i> <i>Diplonema</i> </i> mitochondria
Notice bibliographique
Résumé
We previously reported a unique genome with systematically fragmented genes and gene pieces dispersed across numerous circular chromosomes, occurring in mitochondria of diplonemids. Genes are split into up to 12 short fragments (modules), which are separately transcribed and joined in a way that differs from known trans-splicing. Further, cox1 mRNA includes six non-encoded uridines indicating RNA editing. In the absence of recognizable cis-elements, we postulated that trans-splicing and RNA editing are directed by trans-acting molecules. Here, we provide insight into the post-transcriptional processes by investigating transcription, RNA processing, trans-splicing and RNA editing in cox1 and at a newly discovered site in cob. We show that module precursor transcripts are up to several thousand nt long and processed accurately at their 5' and 3' termini to yield the short coding-only regions. Processing at 5' and 3' ends occurs independently, and a processed terminus engages in trans-splicing even if the module's other terminus is yet unprocessed. Moreover, only cognate module transcripts join, though without directionality. In contrast, module transcripts requiring RNA editing only trans-splice when editing is completed. Finally, experimental and computational analyses suggest the existence of RNA trans-factors with the potential for guiding both trans-splicing and RNA editing.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».