Probing Slow Time Scale Dynamics at Methyl-Containing Side Chains in Proteins by Relaxation Dispersion NMR Measurements: Application to Methionine Residues in a Cavity Mutant of T4 Lysozyme
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Notice bibliographique
Résumé
A relaxation dispersion-based NMR experiment is presented for the measurement and quantitation of micros-ms dynamic processes at methyl side-chain positions in proteins. The experiment measures the exchange contribution to the 13C line widths of methyl groups using a constant-time CPMG scheme. The effects of cross-correlated spin relaxation between dipole-dipole and dipole-CSA interactions as well as the effects of scalar coupling responsible for mixing of magnetization modes during the course of the experiment have been investigated in detail both theoretically and through simulations. It is shown that the complex relaxation properties of the methyl spin system do not complicate extraction of accurate exchange parameters as long as care is taken to ensure that appropriate magnetization modes are interchanged in the middle of the constant-time CPMG period. An application involving the measurement of relaxation dispersion profiles of methionine residues in a Leu99Ala substitution of T4 lysozyme is presented. All of the methionine residues are sensitive to an exchange event with a rate on the order of 1200 s(-1) at 20 degrees C that may be linked to a process in which hydrophobic ligands are able to rapidly bind to the cavity that is present in this mutant.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle