Analysis of Virion-Incorporated Host Proteins Required for Herpes Simplex Virus Type 1 Infection through a RNA Interference Screen
Notice bibliographique
Résumé
Viruses are strictly dependent on cells to propagate and many incorporate host proteins in their viral particles, but the significance of this incorporation is poorly understood. Recently, we performed the first comprehensive characterization of the mature herpes simplex virus type 1 (HSV-1) in which up to 49 distinct cellular proteins were identified by mass spectrometry. In the present study, we sought to identify if these cellular factors are relevant for the HSV-1 life cycle. To this end, we performed a small interfering RNA functional screen and found that 15 of these host proteins altered HSV-1 proliferation in cell culture, without any significant effect on cell viability. Moreover, the siRNA used had no negative consequences for Adenovirus type 5 propagation (with one exception) indicating that the modulation was specific for HSV-1 and not merely due to unhealthy cells. The positive host proteins include several Rab GTPases and other intracellular transport components as well as proteins involved in signal transduction, gene regulation and immunity. Remarkably, in most cases when virions were depleted for one of the above proteins, they replicated more poorly in subsequent infections in wild type cells. This highlights for the first time that both the cellular and virion-associated pools of many of these proteins actively contribute to viral propagation. Altogether, these findings underscore the power and biological relevance of combining proteomics and RNA interference to identify novel host-pathogen interactions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».