Optimization of differential display polymerase chain reaction as a bioindicator for the cladoceran <i>Daphnia magna</i>
Notice bibliographique
Résumé
Research on toxicant-responsive genes is providing new and important bioindicators for environmental biologists. Identifying genes whose expression is modulated by toxicant exposure provides important clues into the mechanisms underlying toxicity. In addition, toxicant-responsive genes can be developed as molecular end points that are likely to be sensitive tools for environmental assessment. Differential display polymerase chain reaction (ddPCR) is a useful approach for screening and analyzing the expression of genes. A ddPCR protocol was optimized to investigate gene expression in the cladoceran Daphnia magna. The modified protocol requires submicrogram quantities of total RNA (from <10 animals) and utilizes a sensitive fluorescent tagging system. By reverse-transcribing total RNA with arbitrary 18-nucleotide primers and PCR-amplifying the cDNA using the same arbitrary primers under low-stringency conditions, reproducible and consistent ddPCR profiles were generated. Minimal variability was introduced by reaction differences or biological variability. A trial stress (starvation) was found to generate modest differences in the ddPCR profiles. This technique promises to significantly advance knowledge regarding gene expression during toxicant insult. Furthermore, this represents the first step in the development of a novel gene fingerprinting technique that can be applied to any compound and organism of interest.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».