The Chloroplast Genome Sequence of <i>Chlorokybus Atmophyticus</i>: Evidence that Charophycean Green Algae from an Early Diverging Lineage Adapted to Terrestrial Life
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Land plants and green algae belonging to the Charophyceae sensu Mattox and Stewart form the Streptophyta, a lineage sister to the Chlorophyta which comprises most or all of the other green algae. A third green plant lineage, at the base of the split of the Chlorophyta and Streptophyta, is possibly represented by the green alga Mesostigma viride ; however, this remains controversial because some phylogenetic analyses place Mesostigma within the Streptophyta. Five orders have been recognized in the Charophyceae: the Chlorokybales, Klebsormidiales, Zygnematales, Coleochaetales, and Charales. Based on its sarcinoid thallus, the only species in the Chlorokybales , Chlorokybus atmophyticus , has long been regarded as the earliest‐diverging member of the Charophyceae. This rare species has been collected only in terrestrial habitats. In the present study, we have determined the complete chloroplast DNA (cpDNA) sequence (149 681 bp) of Chlorokybus to gain insight into its phylogenetic position and also to better understand how the chloroplast genome evolved in the Streptophyta. We have found that Chlorokybus cpDNA closely resembles Mesostigma cpDNA in showing a high degree of ancestral features. It displays a quadripartite structure, encodes 138 genes (only two extra genes compared to Mesostigma cpDNA), and contains a single intron (in trnL(UAA)). The gene order in Chlorokybus cpDNA is similar to that of Mesostigma cpDNA; we estimate that 14 inversions would be required to convert the gene order of one alga into that of the other. Phylogenetic analyses of combined chloroplast protein sequences from Mesostigma , Chlorokybus , other streptophytes, and a number of chlorophytes will be presented. Overall, our results support the idea that the Chlorokybales represent an early diverging lineage.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».