Genetic analysis of a bile salt hydrolase in<i>Bifidobacterium animalis</i>subsp.<i>lactis</i>KL612
Notice bibliographique
Résumé
AIMS: To clone, sequence and characterize a new bile salt hydrolase from a bile tolerant strain of Bifidobacterium animalis ssp. lactis KL612, and further analysis of the bsh promoter and an operon-like structure containing the bsh gene in the genus Bifidobacterium. METHODS AND RESULTS: A new type of bile salt hydrolase from a bile tolerant strain of Bifidobacterium was cloned, completely sequenced and characterized. The putative bsh promoter sequence was analysed by primer extension to determine the transcriptional start point by applying the genomic walking-PCR, an operon-like structure containing the bsh gene and two more open reading frames located within a complete set ranging from a promoter to a transcription terminator sequence is reported for the first time in the genus Bifidobacterium. The polycistronic bsh transcript was revealed by reverse transcriptase-PCR (RT-PCR) as well as by Northern hybridization. CONCLUSIONS: Most of bile tolerant strains of bifidobacteria showed a similar genetic organization around the bsh gene. This finding suggests that bile tolerance of those strains is possibly because of the bile salt hydrolase and some transporter proteins, which are functionally related to each other to respond efficiently to the stress from bile salts. SIGNIFICANCE AND IMPACT OF THE STUDY: Knowledge gained through BSH research would provide further insight into the survival of probiotics in the gastrointestinal tract and some physiological functions of this enzyme in relation to the host as well as the enzyme-producing bacteria.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».