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Enregistrement W1965940068 · doi:10.1111/j.1365-2672.2008.03825.x

Genetic analysis of a bile salt hydrolase in<i>Bifidobacterium animalis</i>subsp.<i>lactis</i>KL612

2008· article· en· W1965940068 sur OpenAlexaff
G.-B. Kim, B.H. Lee

Notice bibliographique

RevueJournal of Applied Microbiology · 2008
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueProbiotics and Fermented Foods
Établissements canadiensAgriculture and Agri-Food CanadaMcGill University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBiologyBifidobacteriumOperonBifidobacterium animalisGeneMicrobiologyGeneticsMolecular biologyBiochemistryBacteriaLactobacillusEscherichia coli

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

AIMS: To clone, sequence and characterize a new bile salt hydrolase from a bile tolerant strain of Bifidobacterium animalis ssp. lactis KL612, and further analysis of the bsh promoter and an operon-like structure containing the bsh gene in the genus Bifidobacterium. METHODS AND RESULTS: A new type of bile salt hydrolase from a bile tolerant strain of Bifidobacterium was cloned, completely sequenced and characterized. The putative bsh promoter sequence was analysed by primer extension to determine the transcriptional start point by applying the genomic walking-PCR, an operon-like structure containing the bsh gene and two more open reading frames located within a complete set ranging from a promoter to a transcription terminator sequence is reported for the first time in the genus Bifidobacterium. The polycistronic bsh transcript was revealed by reverse transcriptase-PCR (RT-PCR) as well as by Northern hybridization. CONCLUSIONS: Most of bile tolerant strains of bifidobacteria showed a similar genetic organization around the bsh gene. This finding suggests that bile tolerance of those strains is possibly because of the bile salt hydrolase and some transporter proteins, which are functionally related to each other to respond efficiently to the stress from bile salts. SIGNIFICANCE AND IMPACT OF THE STUDY: Knowledge gained through BSH research would provide further insight into the survival of probiotics in the gastrointestinal tract and some physiological functions of this enzyme in relation to the host as well as the enzyme-producing bacteria.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,696
Score d'incertitude au seuil0,307

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,188
Écart entre enseignants0,178 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations41
Publié2008
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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