Effect of Intrachain Mismatch on Loop-to-Coil Transition of an Associating Chain
Notice bibliographique
Résumé
The conformation of a telechelic chain, such as ssDNA with complementary bases at both ends, fluctuates from loop (closed) to coil (open) state. The transition between open and closed states can be successfully described by the two-state model. However, the mismatch between one end with complementary bases in the central region along the chain complicates the transition. We investigate the kinetics of conformational fluctuations for an associating polymer of chain length N with an attractive site at both ends (α and β) and another attractive site in the midpoint (γ) by Monte Carlo simulations. The binding energy of α with β and γ is − ε 1 and − ε 2, respectively. The probability of the coil state, which varies with temperature and corresponds to the melting curve in experiments, is obtained. A three-state model including open ( o ), closed ( c ), and mismatch ( m ) states is proposed and agrees quite well with the simulation results. It is interesting that direct transition between mismatch and closed states is observed significantly at low enough temperature. The rate constants k i,j from i to j state are determined as well. k o,m, k o,c, and k m,c are found to be independent of temperature but proportional to N -2 . On the contrary, k m,o and k c,o are independent of chain length but proportional to e -ε 2 / k B T and e -ε 1 / k B T, respectively. Nevertheless, the transition from closed to mismatch states k c,m follows N -2 e -(ε 1 -ε 2 )/ k B T . For a long enough chain with ε 1 > ε 2, the two-state model is adequate since the mismatch state becomes insignificant.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».