Chloroplast microsatellite analysis reveals the presence of population subdivision in Norway spruce (<i>Picea abies</i>K.)
Notice bibliographique
Résumé
Three chloroplast microsatellites (cpSSRs), previously sequence characterized and for which paternal inheritance was tested and confirmed, were used to assess their usefulness as informative markers for phylogeographic studies in Norway spruce (Picea abies K.) and to detect spatial genetic differentiation related to the possible recolonization processes in the postglacial period. Ninety-seven populations were included in the survey. Some 8, 7, and 6 different size variants for the three cpSSRs, respectively, were scored by analysing 1105 individuals. The above 21 variants combined into 41 different haplotypes. The distribution of some haplotypes showed a clear geographic structure and seems to be related to the existence of different refugia during the last glacial period. The analysis of chloroplast SSR variation detected the presence of two main gene pools (Sarmathic-Baltic and Alpine--Centre European) and a relatively low degree of differentiation (RST of about 10%), characteristic of tree species with large distribution and probably influenced by an intensive human impact on this species. Based on our data, we were not able to detect any evidence concerning the existence of additional gene pools (e.g., from Balkan and Carpathian glacial refugia), though we cannot exclude the existence of genetic discontinuity within the species' European range. A large proportion of population-specific haplotypes were scored in this species, thus indicating a possible usefulness of these markers for the identification of provenances, seed-lots, and autochthonous stands.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».