Mitochondrial tRNA 5′-Editing in Dictyostelium discoideum and Polysphondylium pallidum
Notice bibliographique
Résumé
Mitochondrial tRNA (mt-tRNA) 5'-editing was first described more than 20 years ago; however, the first candidates for 5'-editing enzymes were only recently identified in a eukaryotic microbe (protist), the slime mold Dictyostelium discoideum. In this organism, eight of 18 mt-tRNAs are predicted to be edited based on the presence of genomically encoded mismatched nucleotides in their aminoacyl-acceptor stem sequences. Here, we demonstrate that mt-tRNA 5'-editing occurs at all predicted sites in D. discoideum as evidenced by changes in the sequences of isolated mt-tRNAs compared with the expected sequences encoded by the mitochondrial genome. We also identify two previously unpredicted editing events in which G-U base pairs are edited in the absence of any other genomically encoded mismatches. A comparison of 5'-editing in D. discoideum with 5'-editing in another slime mold, Polysphondylium pallidum, suggests organism-specific idiosyncrasies in the treatment of U-G/G-U pairs. In vitro activities of putative D. discoideum editing enzymes are consistent with the observed editing reactions and suggest an overall lack of tRNA substrate specificity exhibited by the repair component of the editing enzyme. Although the presence of terminal mismatches in mt-tRNA sequences is highly predictive of the occurrence of mt-tRNA 5'-editing, the variability in treatment of U-G/G-U base pairs observed here indicates that direct experimental evidence of 5'-editing must be obtained to understand the complete spectrum of mt-tRNA editing events in any species.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».