Phenotypic and Genetic Diversity among <i>Pseudomonas syringae</i> pv. <i>phaseolicola</i>
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The relationships among a worldwide collection of 56 strains of Pseudomonas syringae pv. phaseolicola, causal agent of halo blight disease on bean, were investigated by studying the phenotypic and genetic diversity. All P. s. pv phaseolicola strains tested were pathogenic on the bean cultivar ‘Canadian Wonder’. Carbon substrate utilization using BIOLOG (Biolog GN2 Microplate test) clustered all the phaseolicola strains together. The use of the phaseolotoxin gene cluster as a polymerase chain reaction (PCR) target detected all the P. s. pv. phaseolicola strains identified as toxin producers (Tox+) except for one strain (NCPPB 2385) from Australia. Grouping of P. s. pv. phaseolicola by fatty acid composition suggested the existence of five clusters. A majority of the strains from the USA and Turkey were present in Cluster A while 12 of the 16 strains in group C were from Africa. PmeI and PacI enzymes were used for pulsed‐field gel electrophoresis (PFGE) analysis of P. s. pv. phaseolicola. Digestion of chromosomal DNA from P. s. pv. phaseolicola with PmeI and PacI generated 29 and 28 groups, respectively. Determination of similarity coefficients and clustering by UPGMA revealed five clusters. More diversity was observed among strains with PFGE than with fatty acid profiling. The results obtained in this study suggest that although a number of strains formed small clusters based on their geographical origin, a clear segregation cannot be concluded. The uniformity of the strains in Turkey isolated in 1994 could possibly indicate a recent introduction of a population of closely related strains. Although only a limited number of strains from the USA were compared, it is interesting to note that the strains were phylogenetically closely related considering that they spanned approximately 20 years. The oldest strain, NCPPB 52 from Canada, which was collected in 1941, had identical PFGE patterns with several strains from South Africa and one strain in Turkey collected in the 1990s. The presence of identical PFGE groups in more than 1 year in South Africa and Germany and the phylogenetically closely related group in the USA coupled with the fatty acid data would indicate the likelihood for local seed sources and/or endemic populations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».