Analysis of the <b> <i>Actinobacillus pleuropneumoniae</i> </b> HlyX (FNR) regulon and identification of iron‐regulated protein B as an essential virulence factor
Notice bibliographique
Résumé
The Gram-negative rod Actinobacillus pleuropneumoniae is a facultative anaerobic pathogen of the porcine respiratory tract, and HlyX, the A. pleuropneumoniae homologue of fumarate and nitrate reduction regulator (FNR), has been shown to be important for persistence. An A. pleuropneumoniae hlyX deletion mutant has a decreased generation time but highly prolonged survival in comparison to its wild type parent strain when grown anaerobically in glucose-supplemented medium. Applying a combination of proteomic and transcriptomic approaches as well as in silico analyses, we identified 23 different proteins and 418 genes to be modulated by HlyX (> or = twofold up- or down-regulated). A putative HlyX-box was identified upstream of 54 of these genes implying direct control by HlyX. Consistent with its role as a strong positive regulator, HlyX induced the expression of genes for anaerobic metabolism encoding alternative terminal reductases and hydrogenases. In addition, expression of virulence-associated genes encoding iron uptake systems, a putative DNA adenine modification system, and an autotransporter serine protease were induced by HlyX under anaerobic growth conditions. With respect to virulence-associated genes, we focused on the iron-regulated protein B (FrpB) as it is the outer membrane protein most strongly up-regulated by HlyX. An frpB deletion mutant of A. pleuropneumoniae had the same growth characteristics as wild type grown aerobically and anaerobically. In contrast, A. pleuropneumoniae DeltafrpB did not cause any disease and could not be re-isolated from experimentally infected pigs, thereby identifying FrpB as a previously unknown virulence factor.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».