Nucleoprotein structure of the CD4 locus: Implications for the mechanisms underlying CD4 regulation during T cell development
Notice bibliographique
Résumé
The CD4 gene is regulated in a stage-specific manner during T cell development, being repressed in CD4(-)CD8(-) double-negative (DN) and CD8 cells, but expressed in CD4(+)CD8(+) double-positive (DP) and CD4 cells. Furthermore, the expression/repression pattern is reversible in developing (DN and DP) thymocytes, but irreversible in mature (CD4 and CD8) T cells. Here, we explored the molecular mechanisms underlying this complex mode of regulation by examining the nucleoprotein structure of the CD4 locus throughout T cell development and in DN cells lacking the CD4 silencer. In DN cells, the CD4 enhancer is preloaded with multiple transcription activators, but p300 recruitment is impaired by the silencer that is associated with the repressor Runx1. DP cells achieve high-level CD4 expression via a combination of CD4 derepression and true activation, but Runx1 remains bound to the silencer that retains an open chromatin configuration. In CD4 cells, Runx1 dissociates from the silencer that has become less accessible, and CD4 transcription appears to be achieved via a mechanism distinct from that operating in DP cells. In CD8 cells, the CD4 promoter becomes incorporated into heterochromatin-like structure. Our data shed light on the molecular basis of CD4 regulation and provide a conceptual framework for understanding how the same regulatory elements can mediate both reversible and irreversible CD4 regulation.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».