Tripal: a construction toolkit for online genome databases
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
As the availability, affordability and magnitude of genomics and genetics research increases so does the need to provide online access to resulting data and analyses. Availability of a tailored online database is the desire for many investigators or research communities; however, managing the Information Technology infrastructure needed to create such a database can be an undesired distraction from primary research or potentially cost prohibitive. Tripal provides simplified site development by merging the power of Drupal, a popular web Content Management System with that of Chado, a community-derived database schema for storage of genomic, genetic and other related biological data. Tripal provides an interface that extends the content management features of Drupal to the data housed in Chado. Furthermore, Tripal provides a web-based Chado installer, genomic data loaders, web-based editing of data for organisms, genomic features, biological libraries, controlled vocabularies and stock collections. Also available are Tripal extensions that support loading and visualizations of NCBI BLAST, InterPro, Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes and Gene Ontology analyses, as well as an extension that provides integration of Tripal with GBrowse, a popular GMOD tool. An Application Programming Interface is available to allow creation of custom extensions by site developers, and the look-and-feel of the site is completely customizable through Drupal-based PHP template files. Addition of non-biological content and user-management is afforded through Drupal. Tripal is an open source and freely available software package found at http://tripal.sourceforge.net.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle