Evolutionary relationships among rice species with AA genome based on SINE insertion analysis.
Notice bibliographique
Résumé
Previous studies based on morphological and molecular markers indicated that there are two cultivated and five wild rice species within the Oryza genus with the AA genome. In the cultivated rice species, Oryza sativa, a retroposon named p-SINE1 has been identified. Some of the p-SINE1 members characterized previously showed interspecific insertion polymorphisms in the species with the AA genome. In this study, we identified new p-SINE1 members showing interspecific insertion polymorphisms from representative strains of four wild rice species with the AA genome: O. barthii, O. glumaepatula, O. longistaminata, and O. meridionalis. Some of these members were present only in strains of one species, whereas the others were present in strains of two or more species. The p-SINE1 insertion patterns in the strains of the Asian and African cultivated rice species O. sativa and O. glaberrima were very similar to those of the Asian and African wild rice species O. rufipogon and O. barthii, respectively. This is consistent with the previous hypothesis that O. sativa and O. glaberrima are derived from specific wild rice species. Phylogenetic analysis based on the p-SINE1 insertion patterns showed that the strains of each of the five wild rice species formed a cluster. The strains of O. longistaminata appear to be distantly related to those of O. meridionalis. The strains of these two species appear to be distantly related to those of three other species, O. rufipogon, O. barthii and O. glumaepatula. The latter three species are closely related to one another with O. barthii and O. glumaepatula being most closely related. A phylogenetic tree including a hypothetical ancestor with all loci empty for p-SINE1 insertion showed that the strains of O. longistaminata are related most closely to the hypothetical ancestor. This indicates that O. longistaminata and O. meridionalis diverged early on, whereas the other species diverged relatively recently, and suggests that the Oryza genus with AA genome might have originated in Africa, rather than in Asia.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».