Recombination of HIV Type 1C (C′/C″) in Ethiopia: Possible Link of EthHIV-1C′ to Subtype C Sequences from the High-Prevalence Epidemics in India and Southern Africa
Notice bibliographique
Résumé
The magnitude and complexity of the HIV-1 genetic diversity are major challenges for vaccine development. Investigation of the genotypes circulating in areas of high incidence, as well as their interactions, will be a milestone in the development of an efficacious vaccine. Because HIV-1 subtype C (HIV-1C) is responsible for most of the 36 million infections worldwide we investigated the HIV-1C strains circulating in Ethiopia in a retrospective, cross-sectional study. Serum samples from HIV-1-positive individuals were collected in seven Ethiopian cities and towns. Nucleotide sequences of the gag, pol, and env genes were analyzed. We performed phylogenetic analysis by the neighbor-joining and maximum-likelihood methods with sequences from 30 isolates, and we determined recombination by the bootscanning method as implemented in the SIMPLOT program. Sequence analyses of a 2600-nucleotide fragment (including the gag gene, the protease, and the 5' half of reverse transcriptase of the pol gene) and the corresponding V1V2/C2V3 envelope regions confirmed that two distinct HIV-1C genotypes (C' and C") are cocirculating in Ethiopia, as shown previously by the analysis of the C2V3 envelope region. We have identified intrasubtype recombination between the two HIV-1C genotypes, C' and C", with 6 of the 30 (20%) analyzed viruses being recombinants. The C' sequences were phylogenetically linked to the fast spreading viruses in India and southern Africa. Furthermore, all the recombinant viruses shared the C' V1V3 region of the envelope, suggesting that the prevalence of viruses with the C' envelope is increasing compared to the C" envelope. The possibility that viruses with a C' envelope have a biological advantage over the viruses with a C" envelope should be further investigated in biological and epidemiological studies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».