Top‐down analysis of recombinant histone H3 and its methylated analogs by ESI/FT‐ICR mass spectrometry
Notice bibliographique
Résumé
Detailed characterization of the amino acid (aa) compositions of recombinant histone H3 (Xenopus laevis) and its Lys-9 mono-, di-, and trimethylated isoforms was carried out by ESI/FT-ICR-MS. The measured molecular masses of these four proteins did not agree with those predicted from the published wild-type histone H3 sequence. Using MS/MS with both collision-activated dissociation and electron capture dissociation, three aa substitutions (Gly102Ala, Cys110Ala, and Gly111Ala) were unambiguously identified in each protein by protein database searching and de novo peptide tag sequencing. In addition, it was determined through accurate mass measurement and elemental composition generation that Lys-9, to which the methyl groups are attached, is not in fact a lysine. Instead, it was identified as a chemical analog of lysine--aminoethylcysteine--in the methylated proteins. After incorporation of these three aa substitutions and the aminoethylcysteine into the protein sequences, the re-calculated molecular masses of four proteins were completely consistent with the measured values within 1 ppm. This work demonstrates the power of top-down MS for a detailed structural confirmation of recombinant proteins, even without prior information on aa substitutions or modifications.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».