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Enregistrement W1967378108 · doi:10.1107/s0907444912029101

Structural characterization and comparison of three acyl-carrier-protein synthases from pathogenic bacteria

2012· article· en· W1967378108 sur OpenAlexaff
A.S. Halavaty, Youngchang Kim, G. Minasov, L. Shuvalova, I. Dubrovska, J. Winsor, Olena Onopriyenko, T. Skarina, L. Papazisi, Keehwan Kwon, Scott N. Peterson, A. Joachimiak, Alexei Savchenko, W.F. Anderson

Notice bibliographique

RevueActa Crystallographica Section D Biological Crystallography · 2012
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueMicrobial Natural Products and Biosynthesis
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesArgonne National LaboratoryBasic Energy SciencesNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesMichigan Technology Tri-CorridorOffice of ScienceNational Institutes of HealthU.S. Department of Health and Human ServicesU.S. Department of Energy
Mots-clésAcyl carrier proteinBiochemistryEnzymeChemistryStereochemistryFatty acid synthaseCoenzyme AATP synthaseBiosynthesisReductase

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Some bacterial type II fatty-acid synthesis (FAS II) enzymes have been shown to be important candidates for drug discovery. The scientific and medical quest for new FAS II protein targets continues to stimulate research in this field. One of the possible additional candidates is the acyl-carrier-protein synthase (AcpS) enzyme. Its holo form post-translationally modifies the apo form of an acyl carrier protein (ACP), which assures the constant delivery of thioester intermediates to the discrete enzymes of FAS II. At the Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID), AcpSs from Staphylococcus aureus (AcpS(SA)), Vibrio cholerae (AcpS(VC)) and Bacillus anthracis (AcpS(BA)) have been structurally characterized in their apo, holo and product-bound forms, respectively. The structure of AcpS(BA) is emphasized because of the two 3',5'-adenosine diphosphate (3',5'-ADP) product molecules that are found in each of the three coenzyme A (CoA) binding sites of the trimeric protein. One 3',5'-ADP is bound as the 3',5'-ADP part of CoA in the known structures of the CoA-AcpS and 3',5'-ADP-AcpS binary complexes. The position of the second 3',5'-ADP has never been described before. It is in close proximity to the first 3',5'-ADP and the ACP-binding site. The coordination of two ADPs in AcpS(BA) may possibly be exploited for the design of AcpS inhibitors that can block binding of both CoA and ACP.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,676
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,030
Tête enseignante GPT0,251
Écart entre enseignants0,221 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations9
Publié2012
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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