Investigation of the applicability of a sequential digestion protocol using trypsin and leucine aminopeptidase M for protein identification by matrix-assisted laser desorption/ionization - time of flight mass spectrometry
Notice bibliographique
Résumé
An investigation of the applicability of a sequential digestion procedure involving endo- and exoprotease digestion of proteins is reported. The procedure involves the digestion of a protein sample with trypsin, yielding peptide fragments characteristic of the protein. The resulting mixture of peptide fragments is then subjected to N-terminal sequencing with leucine aminopeptidase M (LAP), with matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometric analysis of the various digestion products. Several proteins in solution, as well as gel extracted proteins were subjected to this sequential enzyme digestion procedure. The results of these experiments reveal that LAP will preferentially cleave specific peptides of the trypsin digested sample with high efficiency, while leaving other peptides undigested. Also, the length of the amino acid sequence tags that can be generated with this method is limited; the longest sequence tag generated from a single tryptic peptide was four amino acids, even though the digestion was allowed to proceed for long times. In the experiments, N-terminal digestion products were detected as early as two minutes, or as late as 90 minutes, following the addition of LAP to the sample. The method was shown to be effective for subpicomole starting quantities of protein, although with some loss in digestion efficiency at lower concentrations of starting material. This method is useful in providing additional sequence information to increase the level of confidence in protein identification, as illustrated in the identification of bacterial proteins fractionated by high-performance liquid chromatography. In some instances, this method can provide additional sequence information where post source decay and nanospray mass spectrometry failed to generate fragment ion spectra. This is illustrated in an example where the procedure was applied to a membrane protein, CD9, that had been isolated by sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis. Although the sequential digestion procedure requires more human intervention, it is a straightforward method and can be readily implemented.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».