A class of eukaryotic GTPase with a punctate distribution suggesting multiple functional replacements of translation elongation factor 1α
Notice bibliographique
Résumé
Translation elongation factor 1alpha (EF-1alpha, or EF-Tu in bacteria) is a highly conserved core component of the translation machinery that is shared by all cellular life. It is part of a large superfamily of GTPases that are involved in translation initiation, elongation, and termination, as well as several other cellular functions. Eukaryotic EF-1alpha (eEF-1alpha) is well studied and widely sampled and has been used extensively for phylogenetic analyses. It is generally thought that such highly conserved and functionally integrated proteins are unlikely to be involved in events such as lateral gene transfer or ancient duplication and gene sorting, which would undermine phylogenetic reconstruction. Here we describe a GTPase called EF-like (EFL), which is very similar to, but also distinct from, canonical eEF-1alpha. EFL is found in a wide variety of eukaryotes (dinoflagellates, haptophytes, cercozoa, green algae, choanoflagellates, and fungi), but its distribution is punctate: organisms that possess EFL are not closely related to one another, and EFL appears to be absent from the closest relatives of organisms that do possess it. Moreover, in most genomes where EFL is present, canonical eEF-1alpha appears to be absent. Analysis of functional divergence suggests that, whereas EFL is divergent in general, putative functional binding sites involved in translation are not significantly divergent as a whole. Altogether, it appears that EFL has replaced eEF-1alpha several times independently. This finding could be an indication of an ancient paralogy or, more likely, eukaryote-to-eukaryote lateral gene transfer.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».