Abstract 2303: Decitabine impact on immunohistochemistry scores for tumor suppressor genes FHIT, WWOX, FUS1 and PTEN in human tumor samples
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Purpose: Since tumor suppressor gene (TSG) expression may be lost through promoter hypermethylation, we assessed whether the demethylating agent decitabine could increase TSG expression in tumor tissues of patients receiving decitabine therapeutically. Experimental Design: Patients on a phase I trial received intravenous 1-hour infusions of decitabine 2.5, 5, or 10 mg/m2/day on days 1-5 and 8-12 each 4-week cycle or 15 or 20 mg/m2/day on days 1-5 each cycle, with filgrastim added at higher doses. Tumor biopsies were done pre day 1 and on day 12 of the first cycle. For the putative TSGs FHIT, WWOX, FUS1 and PTEN, immunohistochemistry (IHC) scores (0-300) were calculated by multiplying the % tumor cells staining by the intensity (0-3+) of staining. IHC scores were correlated with methylation of the LINE-1 repetitive element (as a marker of global DNA methylation, determined by pyrosequencing) and with tumor regression. Results: Twenty-five patients had at least one pre- or post-decitabine biopsy evaluable for expression of at least 1 TSG, including 4 patients with breast cancers, 3 kidney, 3 head & neck, 4 melanomas, 3 thymic and 8 others. With negative staining pre-decitabine (score = 0), number of patients converting to positive staining post-decitabine was 1 of 1 for FHIT, 3 of 6 for WWOX, 2 of 3 for FUS1 and 1 of 10 for PTEN. In tumors with low pre-decitabine TSG scores (<150), expression was higher post-treatment in 8 of 8 cases for FHIT (p=0.014, by Wilcoxon signed rank tests for paired comparisons), 7 of 17 for WWOX (p=0.0547), 7 of 12 for FUS1 (p=0.0726), and 1 of 16 for PTEN (p=0.2034). If FHIT, WWOX and FUS1 were considered together, median pre- vs post-decitabine scores were 60 vs 100 (p=0.0002). Overall, TSG scores did not correlate with LINE-1 methylation, but if pre-decitabine scores for FHIT, FUS1 and WWOX were considered together, tumors with IHC scores = 0 for one of these genes (8 observations) had higher pre-decitabine % LINE-1 methylation than did tumors with IHC scores >0 (58 observations) (median 61.6% vs 45.4%, p=0.0481). TSG expression change did not correlate with LINE-1 methylation change, although tumors converting from negative to positive had a median decrease in LINE-1 methylation of 24%, compared to 6% in those not converting (p=0.069). Five of 15 fully evaluable patients had reductions in tumor diameter (by 0.2% to 33.4%). Of these, 3 had simultaneous increases in 3 TSGs (including the 2 patients with the greatest tumor regression) compared to 2 of 10 with tumor growth (p=0.25). Conclusions: In tumors with low TSG expression, decitabine may be associated with increased expression for the TSGs FHIT, WWOX & FUS1, but not PTEN. Further study will be needed to determine if increased TSG expression is associated with reduced DNA methylation and to determine if increased TSG expression may contribute to any decitabine therapeutic effect. Citation Format: David J. Stewart, Maria I. Nunez, Jaroslav Jelinek, David Hong, Sanjay Gupta, C. Marcelo Aldaz, Jean-Pierre Issa, Razelle Kurzrock, Ignacio I. Wistuba. Decitabine impact on immunohistochemistry scores for tumor suppressor genes FHIT, WWOX, FUS1 and PTEN in human tumor samples. [abstract]. In: Proceedings of the 105th Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2014 Apr 5-9; San Diego, CA. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2014;74(19 Suppl):Abstract nr 2303. doi:10.1158/1538-7445.AM2014-2303
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».