Comparative genomic analysis of the whale (<i>Pseudorca crassidens</i>) <i>PRNP</i> locus
Notice bibliographique
Résumé
There have been many studies of the morphology, behavioral audiograms, and population structure of the false killer whale (Pseudorca crassidens), but sequencing, mapping, and functional and comparative genomics studies are still largely unknown. In this paper, we sequenced three novel BAC clones corresponding to a total length of 308 kb and spanning the PRNP, PRND, and RASSF2 loci, and conducted comparative genomic analysis to examine the genomic structure of the false killer whale PRNP locus. We determined that the three genes show a high degree of conservation in their syntenic regions with respect to gene order, gene orientation, and the predicted coding sequence (CDS) between human and whale, whereas PRNT was not detected in whale. Interestingly, the predicted CDS in whale PRNP contained a novel type of 4-copy octarepeat resulting from a 24 bp deletion when compared with the human sequence. In addition, we identified a novel 1869 bp repeat unit in a region that is non-syntenic to human and cow sequences and is therefore considered to be whale-specific sequence. Our results will provide novel insights into the genomic changes that have occurred during evolution of mammalian PRNP loci, and may also have implications for research into prion disease.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».