Molecular variability of a Minnesota population of <i>Phoma medicaginis</i> var. <i>medicaginis</i> , the causal agent of spring black stem and leaf spot of alfalfa
Notice bibliographique
Résumé
Spring black stem and leaf spot of alfalfa (Medicago sativa) caused by Phoma medicaginis var. medicaginis is an important disease of alfalfa in temperate regions of the United States, causing yield losses and decreasing forage quality. Isolates of the fungus vary in morphological and cultural characteristics, as well as aggressiveness on alfalfa. The sequence of the internal transcribed spacer (ITS) regions of nuclear ribosomal DNA (rDNA) and amplified fragment length polymorphism (AFLP) fingerprinting were used to characterize the diversity of P. medicaginis var. medicaginis isolates collected from leaves and stems of alfalfa plants from northern and southern areas of Minnesota. Sequences of the ITS1-5.8S-ITS2 regions of the rDNA repeats from 14 isolates were highly conserved. AFLP analysis of 121 isolates with eight primer pair combinations revealed a moderate amount of variation as measured by the Dice coefficient (55%) and a gene diversity index of H = 0.23. Molecular polymorphisms were not correlated with geographic locations or plant organs from which the isolates were isolated. Analysis of molecular variance tests revealed a very low level of population subdivision between northern and southern isolates (FST = 0.02) and between isolates collected from leaves and stems (FST = 0.01). AFLP fingerprinting was successful in detecting polymorphisms among P. medicaginis var. medicaginis isolates, whereas the utility of ITS region may be restricted to taxonomic or phylogenetic studies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».