Binding of CCAAT Displacement Protein CDP to Adenovirus Packaging Sequences
Notice bibliographique
Résumé
Adenovirus (Ad) type 5 DNA packaging is initiated in a polar fashion from the left end of the genome. The packaging process is dependent upon the cis-acting packaging domain located between nucleotides 194 and 380. Seven A/T-rich repeats have been identified within this domain that direct packaging. A1, A2, A5, and A6 are the most important repeats functionally and share a bipartite sequence motif. Several lines of evidence suggest that there is a limiting trans-acting factor(s) that plays a role in packaging. Two cellular activities that bind to minimal packaging domains in vitro have been previously identified. These binding activities are P complex, an uncharacterized protein(s), and chicken ovalbumin upstream promoter transcription factor (COUP-TF). In this work, we report that a third cellular protein, octamer-1 protein (Oct-1), binds to minimal packaging domains. In vitro binding analyses and in vivo packaging assays were used to examine the relevance of these DNA binding activities to Ad DNA packaging. The results of these experiments reveal that COUP-TF and Oct-1 binding does not play a functional role in Ad packaging, whereas P-complex binding directly correlates with packaging function. We demonstrate that P complex contains the cellular protein CCAAT displacement protein (CDP) and that full-length CDP is found in purified virus particles. In addition to cellular factors, previous evidence indicates that viral factors play a role in the initiation of viral DNA packaging. We propose that CDP, in conjunction with one or more viral proteins, binds to the packaging sequences of Ad to initiate the encapsidation process.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».