The Zinc Regulated Antivirulence Pathway of Salmonella Is a Multiprotein Immunoglobulin Adhesion System
Notice bibliographique
Résumé
The co-evolutionary relationship between pathogen and host has led to a regulatory cycle between virulence factors needed for survival and antivirulence factors required for host transmission. This is exemplified in Salmonella spp. by the zirTS antivirulence genes: a secretion pathway comprised of the outer membrane transporter ZirT, and its secreted partner, ZirS. ZirTS act within the gastrointestinal tract to function as a virulence modulator and during Salmonella shedding in anticipation of a new host. Together, ZirT and ZirS decrease virulence by lowering bacterial colonization at systemic sites through an unknown mechanism. To understand this mechanism, we have probed the zirTS pathway both structurally and biochemically. The NMR derived structural ensemble of the C-terminal domain of ZirS reveals an immunoglobin superfamily fold (IgSF). Stable isotope labeling by amino acids in cell culture experiments show that the ZirS IgSF domain interacts with its transporter ZirT, and reveal a new protein interaction partner of the pathway, a protein encoded adjacent to zirTS that we have designated as ZirU. ZirU is secreted by ZirT and is also a predicted IgSF. Biochemical analysis delineates ZirT into an N-terminal porin-like β domain and C-terminal extracellular soluble IgSF domain, whereas biophysical characterization suggests that the transporter undergoes self-association in a concentration-dependent manner. We observe that ZirS and ZirU directly interact with each other and with the extracellular domains of ZirT. Here we show that the zir antivirulence pathway is a multiprotein immunoglobulin adhesion system consisting of a complex interplay between ZirS, ZirT, and ZirU.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».