A molecular phylogenetics-based approach for identifying recent hepatitis C virus transmission events
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
UNLABELLED: Improved surveillance methods are needed to better understand the current hepatitis C virus (HCV) disease burden and to monitor the impact of prevention and treatment interventions on HCV transmission dynamics. Sanger sequencing (HCV NS5B, HVR1 and Core-E1-HVR1) and phylogenetics were applied to samples from individuals diagnosed with HCV in British Columbia, Canada in 2011. This included individuals with two or three sequential samples collected <1 year apart. Patristic distances between sequential samples were used to set cutoffs to identify recent transmission clusters. Factors associated with transmission clustering were analyzed using logistic regression. From 618 individuals, 646 sequences were obtained. Depending on the cutoff used, 63 (10%) to 92 (15%) unique individuals were identified within transmission clusters of predicted recent origin. Clustered individuals were more likely to be <40 years old (Adjusted Odds Ratio (AOR) 2.12, 95% CI 1.21-3.73), infected with genotype 1a (AOR 6.60, 95% CI 1.98-41.0), and to be seroconverters with estimated infection duration of <1 year (AOR 3.13, 95% CI 1.29-7.36) or >1 year (AOR 2.19, 95% CI 1.22-3.97). CONCLUSION: Systematic application of molecular phylogenetics may be used to enhance traditional surveillance methods through identification of recent transmission clusters.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle