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Enregistrement W1968110315 · doi:10.1021/jp100955u

Extended Apolar β-Peptide Foldamers: The Role of Axis Chirality on β-Peptide Sheet Stability

2010· article· en· W1968110315 sur OpenAlexaff
Gábor Pohl, Tamás Beke‐Somfai, Imre G. Csizmadia, András Perczel

Notice bibliographique

RevueThe Journal of Physical Chemistry B · 2010
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueChemical Synthesis and Analysis
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésFoldamerChemistryPeptideSupramolecular chemistryConformational isomerismMonomerBeta sheetCrystallographyChirality (physics)StereochemistrySupramolecular chiralityNanomaterialsPolymerMoleculeNanotechnologyCrystal structureMaterials scienceOrganic chemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

This study is on structure and stability of sheetlike conformers of beta-peptides; never seen new foldamers are reported here for the first time. Single- and double-stranded structures are analyzed, and the seeds of large beta-layers and biocompatible nanomaterials are described here. Both the monomeric, HCO-[NH-CH(2)-CH(2)CO](n)-NH(2), and dimeric forms, [HCO-(beta-Ala)(n)-NH(2)](2) n = 3 and 4, of oligo-beta-alanine supramolecular complexes are evaluated by using an adequate level of theory M052X/6-31G(d) for peptides of this size. Polymers composed of backbone foldamers with the central mu torsion angle set to an anti orientation were all probed. Sheet structures built up of strands with carbonyl groups monotonically facing the same spatial direction, polar strands, were previously assigned and synthesized ( Seebach , D. Chem. Biodiversity 2004 , 1 , 1111 - 1239 ). Now we are presenting a novel beta-peptide sheet structure of alternating carbonyl group orientations, called as apolar strands. These novel secondary structural elements of beta-peptides are structural analogs of beta-pleated sheets of proteins. Interestingly enough, the latter type of apolar strands are foreseen as very stable supramolecular complexes and are more firm by approximately 10 kcal.mol(-1) than the aforementioned polar strands. Furthermore, apolar strands lack the inherent twisting of beta-layers, present in polar strands resulting in the tubular shape. Once the effect of substitution of Hbeta1 and/or Hbeta2 atoms are revealed on foldamer stability, short peptide sequence could be designed and synthesized. These new, conformationally optimized beta-sheetlike nanostructures of increased stability with little or no twisting could be used as enzymatically resistant ( Frackenpohl , J. , Arvidsson , P. I. , Schreiber , J. V. , and Seebach , D. ChemBioChem 2001 , 2 , 445 - 455 ) biomaterials. These newly designed models systems could enlarge the arsenal of durable polyesters of similar chemical constitution (e.g., -[O-CH(CH(3))-CH(2)CO](n)- and -[O-CH(COOH)-CH(2)CO](n)-) already used as artificial heart valves, for example.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,407

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,001
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,234
Écart entre enseignants0,228 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations16
Publié2010
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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