Abstract 3041: Focal amplification of chromosome 9p13 is associated with progression risk and activation of multiple oncogenes in oral precancers
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Oral squamous cell carcinoma, the most common form of head and neck cancer, has a dismal five year survival rate of ∼50%. This is largely due to the late stage of diagnosis and high rates of recurrence. A better understanding of the mechanisms driving early oral tumorigenesis is an essential first step towards increasing survival rates, which have not improved in decades. Specifically, by characterizing genetic alterations in early oral premalignant lesions (OPLs), we will better understand mechanisms of disease progression and discover targets for timely therapeutic intervention that could ultimately improve oral cancer outcomes. Methods: Whole genome DNA copy number profiling was undertaken on a rare panel of OPLs with extensive longitudinal data (including known progression status for invasive disease). Recurring alterations were characterized and gene lists were refined using independent tumor-associated gene expression datasets. The functional significance of remaining gene candidates was then assessed using lentiviral shRNA and expression vectors in cell model systems. Results: Analysis of genomic data from OPLs identified four focal recurrent alterations. Three of these alterations were associated with previously identified oncogenes: cMYC, EGFR, and KRAS. The fourth was a novel 2.04 Mbp amplification at chromosome 9p13. Based on our results and publicly available gene expression data, four candidate genes were found in this region: VCP, DCTN3, STOML2, and TLN1. Independent manipulation of each of these genes in cell models revealed changes in oncogenicity (based on changes in rate of proliferation and the degree of anchorage independence), suggesting a critical role in malignant processes associated with cancer progression. Conclusion: We have shown that a recurring, focal 9p13 amplicon in OPLs is associated with progression to invasive oral cancer. Further, our data indicate that this region spans multiple genes with oncogenic potential. Taken together, our results suggest that a single amplification event may dysregulate multiple genes that drive progression to invasive oral cancer. Citation Format: {Authors}. {Abstract title} [abstract]. In: Proceedings of the 102nd Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2011 Apr 2-6; Orlando, FL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2011;71(8 Suppl):Abstract nr 3041. doi:10.1158/1538-7445.AM2011-3041
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».